发酵罐壁上的污垢是无机物和有机物的混合物，很难用单一清洗剂清洗。如果发酵罐的清洗只使用苛性钠，它只起到去除有机物的作用。只有当清洗温度达到80℃以上，才能有更好的清洗效果；清洗时使用单一硝酸进行清洗，对无机物质有一定的作用，对有机物几乎无效。因此，发酵罐清洗需要碱性清洗液和酸性清洗液。发酵罐先清洗干净后再杀菌消毒。罐体内脏物被彻底地清洗干净才算是有效杀菌。
CIP运行方式及其对清洗效果的影响现代化啤酒厂采用普遍的清洗方式是原位清洗(cleaninginplace，简称CIP)，即在密闭条件下，不拆动设备的零部件或管件，对设备及管路进行清洗及灭菌的方法。像发酵罐这样的大容器，不可能用充满清洗液的方式清洗。发酵罐的原位清洗是通过洗涤器循环进行的。洗涤器有固定洗球型和旋转喷射型两种型式，通过洗涤器把清洗液喷射到罐体内表面，然后清洗液沿罐壁向下流淌，一般情况下，清洗液会形成一层薄膜附着在罐壁上。这样机械作用的效果很小，清洗效果主要靠清洗剂的化学作用来实现。
固定洗球型洗涤器的作用半径为2 m，对于卧式发酵罐就必须安装多个洗涤器，洗液在洗涤器喷咀出口的压力应为0.2~0.3 MPa;对于立式发酵罐和压力测量点在洗涤泵出口的情况，不仅要考虑管路阻力造成的压力损耗，还要考虑高度对清洗压力的影响。压力太低时，洗涤器的作用半径小，流量不够，喷射的清洗液不能布满罐壁;而压力太高时，清洗液会形成雾状，不能形成沿罐壁向下流动的水膜，或者喷射的清洗液被罐壁反弹回来，降低了清洗效果。
在被清洗设备较脏和罐体直径较大(d>2 m)时，一般采用旋转喷射型洗涤器，通过增加洗涤器出口压力(0.3~0.7 MPa)，来加大洗涤半径，增强冲洗的机械作用，增加去垢效果。与球型洗涤器相比，旋转喷射型洗涤器可以采用较低的清洗液流量。由于冲洗介质通过时，洗涤器利用流体的反冲力进行旋转，冲洗和流空交替进行，从而提高了清洗效果。
清洗液流量的估算前已述及，发酵罐清洗时需要有一定的冲洗强度和流量。为了保证流体流层足够的厚度及形成连续的湍流，必须注意清洗泵的流量。
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